Filosoficamente, fez a ponte entre a filosofia hegeliana e aquilo que se tornaria no existencialismo. Kierkegaard rejeitou a filosofia hegeliana do seu tempo e aquilo que ele viu como o formalismo vácuo da igreja luterana dinamarquesa. Muitas das suas obras lidam com problemas religiosos tais como a natureza da fé, a instituição da fé cristã, e ética cristã e teologia. Por causa disto, a obra de Kierkegaard é, algumas vezes, caracterizada como existencialismo cristão, em oposição ao existencialismo de Jean-Paul Sartre ou ao proto-existencialismo de Friedrich Nietzsche, ambos derivados de uma forte base ateística.
A obra de Kierkegaard é de difícil interpretação, uma vez que ele escreveu a maioria das suas obras sob vários pseudónimos, e muitas vezes esses pseudo-autores comentam os trabalhos de pseudo-autores anteriores.
Kierkegaard é um dos raros autores cuja vida exerceu profunda influência no desenvolvimento da obra. As inquietações e angústias que o acompanharam estão expressas em seus textos, incluindo a relação de angústia e sofrimento que ele manteve com o cristianismo – herança de um pai extremamente religioso, que cultivava de maneira exacerbada os rígidos princípios do protestantismo dinamarquês, religião de Estado.
Sétimo filho de um casamento que já durava muitos anos – nasceu em 1813, quando o pai, rico comerciante de Copenhague, tinha 56 e a mãe 44, chamava a si mesmo de "filho da velhice" e teria seguido a carreira de pastor caso não houvesse se revelado um estudante indisciplinado. Trocou a Universidade de Copenhague, onde entrara em 1830 para estudar filosofia e teologia, pelos cafés da cidade, os teatros e a vida social. Foi só em 1837, com a morte do pai e o relacionamento com Regine Olsen (de quem se tornaria noivo em 1840), que sua vida mudou. O noivado, em particular, exerceria uma influência decisiva em sua obra, dentre outras influências. A partir daí seus textos tornaram-se mais profundos e seu pensamento, mais voltado às questões religiosas. Também em 1840 ele conclui o curso de teologia, e um ano depois apresentava "Sobre o Conceito de Ironia", sua tese de doutorado.
Esse é o momento da segunda grande mudança em sua vida. Em vez de pastor e pai de família, Kierkegaard escolheu a solidão. Acreditava que não poderia dar a Regina todo amor que ela merecia, esta angústia o acompanhava desde que conheceu Regina Olsen. Rompido o noivado, viajou, ainda em 1841, para a Alemanha. A crise vivida por um homem que, ao optar pelo compromisso radical com a transcendência, descobre a necessidade da solidão e do distanciamento mundano, comprovada em seus diários (obras), sempre escritos com pseudônimos.
Na Alemanha, foi aluno de Schelling e esboça alguns de seus textos mais importantes. Volta a Copenhague em 1842, e em 1843 publica A Alternativa, Temor e Tremor e A Repetição. Em 1844 saem Migalhas Filosóficas e O Conceito de Angústia. Um ano depois, é editado As Etapas no Caminho da Vida e, em 1846, o Post-scriptum a Migalhas Filosóficas. A maior parte desses textos constitui uma tentativa de explicar a Regina, e a ele mesmo, os paradoxos da existência religiosa que o impediram de desposá-la.
Kierkegaard elabora seu pensamento a partir do exame concreto do homem religioso historicamente situado. Assim, a filosofia assume, a um só tempo, o caráter socrático do autoconhecimento e o esclarecimento reflexivo da posição do indivíduo diante da verdade cristã. Polemista por excelência, Kierkegaard criticou a igreja oficial da Dinamarca, com a qual travou um debate acirrado, e foi execrado pelo semanário satíricoO Corsário, de Copenhague. Em 1849, publicou Doença Mortal e, em 1850, Escola do Cristianismo, em que analisa a deterioração do sentimento religioso. Com este tipo de crítica, Kierkegaard influenciou o anarquismo cristão.
Em meados de 1855, aprofundou mais ainda suas críticas ao cristianismo e à Igreja Luterana da Dinamarca através de um panfleto intitulado O Instante, em que era o único colaborador. No dia 17 de março do mesmo ano, Regine Olsen vai embora de Copenhague, acompanhando seu marido, Fritz Schlegel, nomeado governador das Índias Ocidentais Dinamarquesas. Em 2 de outubro, cai na rua, e é levado para o hospital. Morre lá um mês depois, dia 11 de novembro, recusando os sacramentos. Seu funeral foi muito concorrido, com estudantes protestando contra a hipocrisia da Igreja em sepultá-lo num campo santo. Nenhum membro do clero estava presente, exceto seu irmão, Peter Christian Kierkegaard, bispo luterano, e o deão Tylde, encarregado do serviço fúnebre. No enterro, seu sobrinho Henrik Lund leu um trecho de O Instante, ao criticar a atitude da Igreja. Foi posteriormente multado por isso.
Søren Kierkegaard repousa no cemitério da Frue Kierk, de Copenhague. Regine Olsen e seu marido Fritz Schlegel estão enterrados lá também, a poucos metros do túmulo de Kierkegaard.